Второй инфаркт настиг Анатолия Осиповича в мае 1941 года, когда выполненные им и его учениками янтарные панели наконец-то были собраны. Копия оказалась неточной по цветовым соотношениям! По мнению А.Н. Толстого, Барановский выполнил работу лучше, чем предполагалось. «Это игрушка!» — воскликнул Толстой, увидев ее впервые целиком. Но дело в том, что истинный реставратор не имеет права делать что-либо лучше оригинала! Искусство реставратора как раз и заключается в том, чтобы, проникнув в творческий метод, «кухню» старых мастеров, изготовить совершенную копию, точно такую же вещь! Барановский же сделал свою Янтарную комнату — и для него это было ударом!

…Впервые Янтарная комната Барановского была собрана в третьей Антикаморе Екатерининского дворца — огромной «прихожей» зале, предназначавшейся для самых титулованных особ и высокопоставленных гостей Российской империи. За третьей Антикаморой следовал Тронный зал дворца. Комната Барановского была закреплена на каркасе из толстых брусьев, накрепко сшитых друг с другом огромными скобами. У каждого угла каркаса постоянно дежурили по два энкавэдэшника. Барановский, разбитый горем и едва оправившийся от двух инфарктов подряд, с утра до позднего вечера просиживал в центре комнаты в большом кожаном кресле. Еду ученики носили ему прямо к креслу.

Второго июня 1941 года подлинная Янтарная комната была разобрана, а ее место заняла копия. Работа А.О. Барановского была самым тщательным образом сфотографирована и опять перемещена, видимо, в специально приготовленный для нее тайник в сухом и теплом подвале дворца (Екатерининский дворец построен на фундаменте, вырубленном в гранитном монолите. Место, на котором он возведен, до сих пор называется Дудоровой горой). Панели подлинника легли на столы мастерской Барановского в Камероновой галерее, а в помещении, предназначенном для Янтарной комнаты, были смонтированы ученические панели, выполненные в виде «модели» в полном объеме, в масштабе один к одному. Таким образом, 2 июня 1941 года в Пушкине находилось три Янтарные комнаты! 11 июня во дворце работала комиссия НКВД, выявившая большую недостачу янтаря. По оценкам НКВД, пропало свыше семисот килограммов этого ценного сырья, ушедшего на сувениры. Толстой ждал ареста со дня на день, но, слава богу, так и не дождался.