Натурные съемки проходили в конце лета 1938 года на берегу Южного Буга, в деревне Гурьевка. После нескольких удачных съемочных недель внезапно портится погода, начинаются дожди. Режиссер принимает решение доснимать фильм в павильонах Киевской киностудии, где для этих целей выстраиваются огромные декорации. Но пока их строили, время шло и начальство из Москвы бомбардировало съемочный коллектив телеграммами с требованием отснять картину к ноябрьским праздникам. Пырьев отвечал, что это нереально. В такой нервозной обстановке фильм все-таки удалось закончить. Но затем началось самое интересное.

Когда весь материал посмотрел Дукельский, он потребовал вырезать из него 600 метров (почти две части) и вместо них доснять новые эпизоды. Пырьев это делать наотрез отказался, так как на дворе уже была зима. Дукельский тоже был непреклонен, видимо, желал отыграться на строптивом режиссере за свой проигрыш с главной героиней. В схватке сошлись упрямый Бык и властный Дракон - коса на камень. Как написан о в гороскопе: «Дракон Быку не по душе. Это еще один чудо-герой, который доведет доверчивого Быка до бешенства». Так и вышло.

Воспользовавшись отсутствием Пырьева в Москве, Дукельский отдал распоряжение вырезать все не понравившиеся ему эпизоды. И вот в таком виде проходит премьера фильма в Доме кино. На этот показ Пырьев не приходит. Более того, он вообще требует убрать свою фамилию из титров картины. Так что на первых просмотрах «Трактористов» и даже в газетных рецензиях имя создателя картины не упоминалось. Лишь только после того, как фильм стал пользоваться у зрителей бешеным успехом, Пырьев изменил свое решение и конфликт был исчерпан. Хотя позднее сам он сетовал: «И тогда, и сейчас я уверен в том, что «Трактористы» в своем «нерезаном» варианте наиболее полно отражали предвоенное грозовое время и были намного содержательней и интерес ней как по актерскому мастерству, так и по режиссерскому решению».