Между тем уже в детстве у Я на появились серьезные нелады со здоровьем. Врачи обнаружили у него какую-то редкую болезнь, которую обычными методами лечить было трудно. И Яну пришлось долгое время скитаться по разным школам-санаториям. Но даже там он не расставался со скрипкой и в итоге к своему 15-летию весьма мастерски ею владел. Что здорово помогло ему в дальнейшем. Однажды известный музыкальный педагог Яков Магазинер услышал, как Френкель играет на скрипке, и так был восхищен этой игрой, что немедленно распорядился принять симпатичного и талантливого юношу сразу в третий класс музыкальной школы. Блестяще закончив ее, Френкель в 1938 году был принят на скрипичное отделение Киевской консерватории с правом вольнослушателя посещать класс выдающегося украинского композитора Бориса Лятошинского.
Доучиться до конца Френкель не успел - началась война. Наверное, он мог избежать призыва в армию по причине своего нездоровья, но Френкель этого не сделал, поступив в Оренбургское зенитное училище. Именно там состоялся его дебют как композитора: им была написана песня «Шел пилот по переулку». Увы, но шлягером эта песня так и не стала.
В 42-м Френкель закончил училище и был отправлен на фронт. Но его боевая деятельность длилась недолго - всего несколько месяцев. Потом Френкеля ранили, и он был отправлен в тыл. После госпиталя он попал в число «нестроевых» и был зачислен в состав фронтового театра, где играл сразу на нескольких музыкальных инструментах: рояле, аккордеоне и горячо любимой им скрипке.
После войны Френкель подался в Москву, поскольку настоящую карьеру можно было сделать только в столице. Однако прежде, чем он стал знаменитым, ему пришлось пройти через множество трудностей.
Вместе со своей женой Наталией и крохотной дочкой Ниной Френкель долгое время жил в тесной 15-метровой комнатушке московской коммуналки на Трубной площади, где из мебели были только две кровати, стол и огромный черный прокатный рояль, занимавший полкомнаты. Именно под этим роялем прошло детство дочери Френкеля.