В 1989 году Френкель был удостоен звания народного артиста СССР. А спустя несколько месяцев после выхода этого указа Френкеля не стало. По словам дочери композитора, его уход предопределила семейная драма. Тем летом 89-ю внука композитора, который только что с отличием окончил Центральную музыкальную школу по классу пианино, Не приняли в Московскую консерваторию. Говорят, сделано это было с умыслом - ударить побольнее Яна Френкеля. А чтобы акция удалась, из приемной комиссии был удален педагог Френкеля-младшего Алексей Наседкин. Когда Ян Френкель узнал об этом, ему стало плохо. И без того больной, он после этого случая и вовсе сдал. Чтобы помочь ему восстановиться, было решено отправить его в Прибалтику, на Рижское взморье. Живым оттуда он уже не вернулся.

Ян Френкель ушел из жизни 31 августа 1989 года. Врачи подозревали у него трахеит, но потом установили более точный и страшный диагноз - рак. Френкель знал об этом и особых иллюзий на свой счет не питал. И в Ригу уезжал практически обреченный. Как написано в гороскопе Обезьяны: «Третья часть жизни Обезьяны будет спокойней, чем первые две, но у нее будет одинокая старость, она умрет вдали от своей семьи…» Как видим, в случае с Яном Френкелем последний прогноз подтвердился.

Вот уже больше двух десятков лет нет с нами Яна Френкеля. Однако песни его живут до сих пор. Они растворены в народной памяти, как верно заметил многолетний соавтор Яна Френкеля поэт Константин Ваншенкин. Они исполняются и для строгих концертных за-лов, и для сельских клубов или заводских общежитий. Они по душе академику и солдату. В этом их редкостное достоинство и, если угодно, секрет.