Непонятно и другое: почему не дали завершиться следствию? Каплан была расстреляна 3 сентября 1918 года по личному указанию главы государства Я. М. Свердлова. В. Э. Кингисепп — член ВЦИК, который вел дело Каплан по поручению Свердлова, — жаловался, что ему мешают. Необходимые документы, отмечал он, поступали с большим опозданием. Так, на повторном показании помощника комиссара С. Н. Батулина от 5 сентября 1918 года Кингисепп написал синим карандашом: «Документ достопримечателен по своему 19-дневному странствованию» — и поставил дату: 24 сентября.

Каплан допрашивали председатель Московского ревтрибунала А.М. Дьяконов, нарком юстиции Д.И. Курский, чекист Я.X. Петерс. Сотрудник ВЧК И.А. Фридман позднее вспоминал, что на одном из допросов присутствовал Свердлов. По делу были привлечены (арестованы и доставлены в ВЧК для допроса) четырнадцать человек. Все были оправданы и освобождены. В следственном деле семнадцать свидетельских показаний, но ни одно категорически не утверждает, кто все-таки стрелял. Хотя все свидетели заявляли, что стреляла женщина. Они писали свои показания после признания Каплан (знали об этом, видели, как ее увозили), лица стрелявшей или стрелявшего никто не видел.

Батулин, задержавший Каплан 30 августа на заводском дворе, где прозвучали выстрелы в Ленина, в первом варианте показаний заявил, что, когда от выстрелов люди стали разбегаться, он заметил женщину, которая вела себя странно. На его вопрос, зачем она здесь и кто она, Каплан ответила: «Это сделала не я». Во втором варианте показаний, написанных 5 сентября, уже после того, как газеты оповестили о расстреле Каплан, Батулин признал, что не слышал выстрелов, полагая, что это обычные моторные хлопки автомобильного мотора, что человека, стрелявшего в Ленина, он не видел. Но он побежал, как все, и увидел у дерева женщину с портфелем и зонтиком в руках. «Я спросил эту женщину, зачем она сюда попала. На эти слова она ответила: «А зачем вам это нужно?» Тогда, обыскав ее карманы и взяв ее портфель и зонтик, предложил ей идти за мной. По дороге я ее спросил, чуя в ней лицо, покушавшееся на тов. Ленина: «Зачем вы стреляли в тов. Ленина?» — на что она ответила: «Зачем вам это нужно знать?» — что меня окончательно убедило в покушении этой женщины на тов. Ленина».