Чтобы предотвратить эту угрозу (осуществись она, и Соединенные Штаты навеки остались бы расколотыми), Линкольн 22 сентября 1862 года — перед этим на протяжении нескольких недель он колебался — опубликовал знаменитую Прокламацию об освобождении рабов. В ней он «в силу своих полномочий президента Соединенных Штатов» и данных ему военных полномочий объявил рабов южных штатов с 1 января 1863 года свободными. Правда, рабам этот документ почти не помог, но на международном уровне именно он стал поворотным пунктом. Теперь по моральным соображениям европейские державы уже не могли начать интервенцию и открыто поддержать Юг, боровшийся за сохранение рабства.

Позднее возникла легенда (очень популярная и поныне), гласившая, что Линкольн всю войну, с самого ее начала, боролся за освобождение рабов. На самом деле освобождение негров было лишь средством выиграть войну. Главной же целью Линкольна оставалось объединение страны.

Всего за несколько месяцев до того, как Линкольн издал свою прокламацию, он заявлял, что конгресс не имеет права освобождать рабов в каком-либо из штатов. Когда 9 мая 1862 года генерал северян Хантер объявил всех рабов Джорджии, Флориды и Южной Каролины свободными, Линкольн дезавуировал этот акт. Хорейс Грили, издатель газеты «Нью-Йорк трибюн», в открытом письме «Вялость» упрекал президента за позицию, занятую им по вопросу о рабстве. Линкольн отвечал: «Высшая моя цель — спасение Союза, а не уничтожение или сохранение рабства. Если бы я мог спасти Союз, не освободив ни единого раба, я бы сделал это. А если бы я мог спасти Союз, освободив одних и велев освободить других, то я бы сделал и это».

После появления Прокламации об освобождении рабов война продолжалась еще полтора года и от месяца к месяцу становилась все более жестокой и кровавой. Это была первая война современного типа. Применялись ручные гранаты, ракеты, мины, а также пулеметы; использовались торпеды, морские мины, броненосцы, бронепоезда, аэростаты. Противники использовали фугасные снаряды, огнемёты, пытались создать «наступательный газ удушающего действия». В Алабаме построили даже подводную лодку почти шестиметровой длины, она участвовала в боевых действиях и в феврале 1864 года потопила возле Чарлстона неприятельский корабль; впрочем, и сама лодка затонула вместе с ним.