Позднее доктор Мадд перед судом скажет, что пациент все время отворачивал лицо, поэтому он не смог его разглядеть. Однако суд не поверит ему. Судьи даже посчитают, что именно доктор Мадд порекомендовал беглецам поехать к некоему полковнику Коксу, дабы тот переправил их через Потомак, через границу, открывавшую путь в Виргинию. Доктор Мадд будет осужден к пожизненному заключению в каторжной тюрьме.

Впрочем, по пути к полковнику Коксу Бутс и Харольд заблудились и попали к нему слишком поздно; он уже не отважился переправиться с ними через Потомак. Кокс спрятал их среди болот в трех километрах от своего дома. Там Бутс начал вести дневник.

Тем временем в Вашингтоне удалось схватить Льюиса Пейна, совершившего покушение на госсекретаря Сьюарда, а также Джорджа Этцеродта, которому надлежало убить вице-президента Джонсона. Кроме того, полиция обратила внимание на пансион некоей госпожи Сарратт, куда часто захаживал Бутс. Арестовали саму хозяйку и трех подозрительных лиц.

Правда, одного из, вероятно, главных заговорщиков — Джона X. Сарратта, сына хозяйки пансиона, схватить не удалось. Всех их доставили на военный корабль «Саугус», стоявший на якоре на Потомаке; там заковали в кандалы. По приказанию Стэнтона на головы узников надели парусиновые мешки, затянув их на горле и проделав лишь крохотные отверстия для дыхания; видеть, слышать или разговаривать заключенные не могли.

Тем временем продолжали искать Бутса и Харольда. Стэнтон объявил, что каждого, кто им поможет или предоставит убежище, ждет казнь. Вскоре следы их обнаружились. Вначале вышли на доктора Мадда, затем на Кокса, однако преступники успели покинуть его владения: им все же удалось переправиться через Потомак. За голову Бутса назначили награду сто тысяч долларов, за Харольда — двадцать пять тысяч.

Беглецов нашли в ста двадцати пяти километрах к югу от Вашингтона, близ Порт-Ройяла, где они остановились в одной фермерской семье, выдав себя за солдат Конфедерации, возвращающихся домой. Когда во вторник 25 апреля в окрестностях фермы появились войска, Бутс и Харольд спрятались в сарае. Там в ночь на среду их выследили.