Согласно приказу, Бутса и Харольда следовало взять живыми. Солдаты окружили сарай и потребовали, чтобы заговорщики вышли. Не услышав ответа, пригрозили поджечь сарай. Возле стены сарая разложили хворост и дали беглецам пять минут на раздумье. Харольд вышел и сдался, Бутс остался в сарае. Солдаты подожгли хворост. Пламя тотчас перекинулось на постройку, и сквозь частокол солдаты увидели Бутса, ковылявшего на костылях по горящему сараю и не находившего выход. Затем раздался выстрел, стрелял кто-то из солдат. Смертельно раненный Бутс рухнул наземь. Его вытащили из сарая; к утру убийца Линкольна испустил дух.

Главный участник заговора был мертв. Однако при нем нашли дневник, начатый несколько дней назад. Его передали в военное министерство. Странно, но во время суда над заговорщиками на дневник Бутса не обратили никакого внимания, хотя он, несомненно, был важной уликой. О нем вообще не вспоминали. Лишь через несколько лет бригадный генерал Лафайет К. Бейкер (во время Гражданской войны он был шефом полиции) сказал, выступая перед следственной комиссией конгресса, что отдал дневник Бутса военному министру Стэнтону, своему непосредственному начальнику, а когда получил его назад, там недоставало нескольких страниц. Стэнтон заявил, что этих страниц не было уже тогда, когда Бейкер передавал ему дневник. Всего было вырвано восемнадцать страниц — из той части дневника, где описывались события дней, предшествовавших убийству Линкольна.

Процесс против участвовавших в заговоре Бутса и их пособников начался 9 мая 1865 года в вашингтонской военной тюрьме. Арестованные предстали перед чрезвычайной военной комиссией. Дело должно было рассматриваться военным судом, поскольку Линкольн являлся верховным главнокомандующим. Одним из девяти судей был генерал-майор Льюис Уоллас (через несколько лет он напишет роман «Бен-Гур», который и сегодня все еще входит в число мировых бестселлеров). Основной идеей этого «романа из эпохи Христа» является возмездие. И возмездие было основным мотивом на процессе против участников заговора. Судьи были суровы. Из восьми обвиняемых четверых приговорили к казни через повешение: Нейна, Харольда, Этцеродта, а также Мери Сарратт. 7 июля 1865 года приговоры были приведены в исполнение, хотя Мери Сарратт вообще ни в чем не была уличена. Позднее случай с ней назовут судебным убийством. Она умерла, можно сказать, вместо своего сына, Джона Сарратта, входившего в число заговорщиков, но бежавшего в Канаду. Уже упоминавшийся историк Теодор Роско полагает, что «нельзя ни в малейшей степени сомневаться в том, что Стэнтон умышленно позволил ему уйти».